يقع مسجد خادم الحرمين الشريفين في وسط المنطقة التعليمية، وتتوسطه من الداخل قبة دائرية قطرها 38 مترًا، مزينة بزخارف إسلامية بديعة. وللمسجد مئذنتان، يبلغ ارتفاع كل منهما حوالي سبعين مترًا، وقد روعي في تصميم المسجد توفير مداخل ومخارج من ثلاث جهات، بما يتناسب مع أعداد المصلين، كما زود بمخارج للطوارئ في مختلف أرجائه. وتتوافر الإضاءة الطبيعية في جميع أرجاء المسجد، إضافةً إلى الإضاءة الكهربائية الممتدة على طول سقفه، والتي صممت بما يعكس ملامح التراث المعماري الإسلامي.